Sekolah Tinggi Alkitab Batu (STA Batu) telah berlangsung sejak tahun 1996 yang sebelumnya dengan nama Sekolah Alkitab Batu berdiri pada tahun 1956. Tetapi secara intensif menyelenggarakan program pendidikan teologi sesuai dengan undang-undang Sisdiknas sejak tahun 2007 dan sekaligus memohon Ijin Penyelenggaraan kepada Direktorat Jenderal Bimas Kristen Kementerian Agama RI. Penyelenggaraan pendidikan STA Batu secara teknis di bawah pengawasan Majelis Pusat Gereja Pantekosta di Indonesia (MP GPdI).

Berkat desakan kuat dari tiga orang pimpinan GPdI saat itu yaitu Pdt. A.H Mandey selaku Ketua Umum GPdI dan pendiri STA Batu, Pdt. J. S. Minandar selaku Ketua Departemen Pengajaran dan Pendidikan dan Pdt. H. Runtukahu selaku pengurus harian MP GPdI dan Ketua Majelis Daerah Jawa Timur (MD Jatim) terbeban melihat terbangunnya sebuah institusi pendidikan perguruan Tinggi Teologi yang representatif di kalangan GPdI yang berlokasi di kota wisata Batu.

Ketua Umum MP GPdI Pdt A. H. Mandey yang bertindak selaku pendiri sepakat pada tahun 2007 melakukan penyegaran kepengurusan. Maka melalui Surat Keputusan MP GPdI bernomor 017/MP/XI-2007 ditandatangani oleh Ketua Umum MP GPdI, Pdt. A. H. Mandey dan Sekretaris Umum, Pdt. Dr. W. D. Saerang, B.Sc., S.Th., memutuskan membentuk kepengurusan baru dengan menunjuk Pdt. Dr. B. Y. Tambuwun, M.Th sebagai Ketua STA Batu. Disertakan pula surat MP GPdI ditujukan kepada Direktur Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama RI tertanggal 02 Desember 2007 dengan nomor 1.122/MP/GPdI/XII-07 Pemberitahuan dan permohonan Ijin Penyelenggaraan bagi Sekolah Tinggi Alkitab Batu (STA Batu).

Pada tahun 2010 STA Batu mendapat Ijin Penyelanggaraan yang di visitasi langsung oleh Dirjen Bimas Kristen Kemenag RI dengan nomor DJ.III/Kep/HK.00.5/480/2010 dan pada akhir 2011 STA Batu kembali mengajukan Perpanjangan Ijin Penyelengaraan 
dengan nomor DJ.III/Kep/HK.00.5/1182/2011. Sekolah Tinggi Alkitab Batu telah melakukan banyak perbaikan di berbagai aspek untuk peningkatan mutu pendidikan dan lulusannya. pada awal tahun 2015 melalui SK MP GPdI menunjuk Pdt. Dr. Noch Mandey, M.Th. sebagai Ketua STA Batu menggantikan Ketua sebelumnya. Saat ini Ketua STA Batu dipercayakan kepada Pdt. Dr. Adi Sujaka, M.Th.